Костенко Олександр Миколайович. Застосування реакції пірилоціанінів з амінами в синтезі кон'югатів піридоціанінів з біомолекулами: дисертація канд. хім. наук: 02.00.10 / НАН України; Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії. - К., 2003. - На обклад.: ...біоогранічної....
Анотація до роботи:
Костенко О. М. Застосування реакції пірилоціанінів з амінами в синтезі кон’югатів піридоціанінів з біомолекулами. - Рукопис.
Дисертація на здобуття наукового ступеня кандидата хімічних наук за спеціальністю 02.00.10 – біоорганічна хімія. – Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України, Київ, 2003.
Дисертація присвячена розробці та вивченню нового методу ковалентної кон’югації ціанінових барвників з біомолекулами. Вперше проведено реакцію пірилоціанінів з амінами в умовах, що не спричинюють руйнування більшості біомолекул. Досліджено час перебігу реакції пірилоціанінів з різними амінокислотами, вивчено вплив природи амінокислоти, температури, рН середовища та природи буфера і розчинника на перебіг реакції. Показано, що за умов реакції кон’югації пірилоціанінів з біомолекулами з використанням триетиламонійацетатного буферу не відбуваються побічні реакції з екзоциклічними аміногрупами нуклеотидних основ та бічними функціональними групами амінокислот. На основі дослідження впливу будови пірилоціанінів на перебіг реакції з аміногрупою біомолекул та спектрально-люмінісцентних властивостей утворюваних піридоціанінів запропоновано низку пірилоціанінів для кон’югації з біомолекулами. Синтезовано модельні кон’югати ціанінових барвників з олігонуклеотидами та білками, досліджено спектрально-люмінісцентні властивості отриманих кон’югатів. Запропоновано для практичного використання зручний метод кон’югації пірилоціанінів з біомолекулами.
У дисертації наведено теоретичне узагальнення і нове вирішення наукової задачі, що виявляється у вивченні та застосуванні реакції пірилоціанінів з амінами для флуоресцентного мічення аміноалкілолігонуклеотидів та білків.
Досліджено час перебігу реакції пірилоціанінів з різними амінокислотами, вивчено вплив природи амінокислоти, температури, рН середовища та природи буфера і розчинника на перебіг реакції.
Показано, що за запропонованих умов реакції кон’югації пірилоціанінів з біомолекулами не відбуваються побічні реакції з екзоциклічними аміногрупами нуклеотидних основ та бічними функціональними групами амінокислот.
На основі отриманих даних про вплив будови пірилоціанінів на перебіг реакції з аміногрупою біомолекул та результатів спектрально-люмінісцентних досліджень запропоновано низку пірилоціанінів для кон’югації з біомолекулами.
Синтезовано модельні кон’югати ціанінових барвників з олігонуклеотидами та білками, досліджено спектрально-люмінісцентні властивості отриманих кон’югатів.
Запропоновано для практичного використання зручний метод кон’югації пірилоціанінів з біомолекулами.
Публікації автора:
Yarmoluk S.M., Kostenko O.M., Kornushyna O.S., Dubey I.Y. Interaction of cyanine dyes with nucleic acids. 4. Efficient 5’-fluorescent labelling of oligonucleotides with monomehtyne pyrilium cyanine dye, Cyan 39 // Біополімери і клітина.- 1998.- 14, №1.- С.82-86.
Sergiy M. Yarmoluk, Alexander M. Kostenko, Igor Y. Dubey. Interaction of cyanine dyes with nucleic acids. IXX. New method for the covalent labeling of oligonucleotides with pyrylium cyanine dyes // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters.- 2000.- 10.- Р.2201-2204.
Костенко О.М., Дмітрієва С.Ю., Ярмолюк С.М. Білки та ціанінові барвники. 2. Застосування реакції пірилієвих барвників з амінами для ковалентного мічення амінокислот і пептидів // Біополімери і клітина.- 2001.- 17, №1.- С. 80 – 84.
Костенко О.М., Дмітрієва С.Ю., Толмачов О.І., Курдюков В.В., Ярмолюк С.М. Мічення амінокислот і пептидів поліметиновими пірилієвими барвниками // Укр. хім. журнал.- 2002.- 68, № 1.- С. 39-44.
O.M. Kostenko, S.Y. Dmitrieva, O.I. Tolmachev, S.M. Yarmoluk. New Approach for Fluorescent Peptide Labeling with Pyrylium Cyanine Dyes // Journal of Fluorescence.- 2002.-12, No. 2.- Р. 173 – 175.
Ярмолюк С.М., Лосицький М.Ю., Ковальська В.Б., Томачинський С.М., Огульчанський Т.Ю., Костенко О.М., Курдюков В.В., Толмачов О.І. Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. Новий (піридо)(тіо)триметинціаніновий барвник CCyan40 для флуоресцентного мічення олігонуклеотидів // Біополімери і клітина.- 2002.- 18, №4.- С. 340 – 346.
Sergiy M. Yarmoluk, Alexander M. Kostenko, Igor Y. Dubey. New approach toward oligonucleotide labeling with cyanine dyes // 8th Europ. Conf. Spectroscop. Biolog. Molec.(29 Aug. –2 Sept. 1999, Enschede, Netherlands) Р. 9 –10.
Kostenko O.M., Dmitrieva S.Y., Tolmachev O.I., Yarmoluk S.M. New approach for fluorescent peptide labeling with pyrylium cyanine dyes // 7th Conference on Methods and Application of Fluorescence (Amsterdam, September 16-19, 2001) Р. 99.
Yarmoluk S.M., Kovalska V.B., Kocheshev I.V., Kostenko O.M., Dubey I.Y. Oligonucleotides labeled with pyridinium cyanine dyes: spectral properties and integration into PCR System // Fifth International Symposium on Functional -Electron Systems, May 30 –June 4, 2002, Ulm/Neu-Ulm, Germany, P.119.
O. M. Kostenko, S. Y. Dmitrieva, S. M. Yarmoluk. New approach for fluorescent peptide labelling with cyanine dyes // In: Proc. Scientific conference “Biotechnology and Environment 2001”, Zagreb, Croatia, February 19-22, 2001, Р.51.
Костенко О.М., Дмітрієва С.Ю., Ярмолюк С.М. Застосування реакції пірилієвих барвників з амінами для ковалентного мічення амінокислот та пептидів // Міжнародна конференція “Хімія азотовмісних гетероциклів” (Харків, 2 – 5 жовтня 2000 р.), С.230.
Костенко О.М., Дмітрієва С.Ю., Ярмолюк С.М. Флуоресцентне мічення пептидів пірилієвими ціаніновими барвниками // ХІХ Українська конференція з органічної хімії (Львів, 10 –14 вересня 2001 р.), С.168.
Костенко О.М., Дмітрієва С.Ю. Застосування реакції триметинпірилоціанінів з амінами для ковалентного мічення амінокислот і пептидів // V Конференція молодих учених південного регіону України (Одеса, 3-4 жовтня 2002 р.), С. 33.
