Анотація до роботи:

Кашуба В.І. Нові гени-супресори росту епітеліальних пухлин. – Рукопис.

Дисертація на здобуття наукового ступеня доктора біологічних наук за спеціальністю 03.00.03 – молекулярна біологія. – Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ, 2009.

З використанням сучасних методів сконструйовано бібліотеки NotI-зв’язувальних та NotI-стрибаючих клонів 3-ї хромосоми людини. Уперше картовано 3-ю хромосому людини з використанням NotI-клонів. Визначено ділянки в ділянці 3p21.3, що найчастіше делетовані при різноманітних типах злоякісних пухлин, та побудовано фізичну і генетичну карти. На цих ділянках локалізовано більше 50 генів. Ідентифіковано понад 20 нових генів, визначено їхню первинну структуру, а також білкових продуктів, що ними кодуються.

Розроблено метод для визначення супресорної активності потенційних генів-супресорів росту злоякісних пухлин. Цим методом, названим тестом на інактивацію генів, вивчено понад 20 генів. Гени RASSF1A, RASSF1C (в KRC/Y), RBSP3A, RBSP3B, G21/NPRL2, SEMA3B, HYAL1, HYAL2, FUS1, ЕP53, RB1 супресували ріст злоякісних пухлин у мишах SCID. Відкрито нові потенційні маркери для створення діагностикумів. Показано, що потенційні гени-супресори росту пухлин можуть бути інактивовані не тільки за рахунок мутацій і делецій, але й епігенетично – внаслідок метилування їхніх промоторних ділянок.

Комплексними дослідженнями з використанням нових методів ідентифіковано молекулярно-генетичні зміни 3-ї хромосоми людини у пухлинах епітеліального походження. На короткому плечі цієї хромосоми виявлено і охарактеризовано потенційні гени-супресори пухлин.

1. Розроблено нову методологію фізичного та генетичного картування геномної ДНК з використанням NotI-зв’язувальних і NotI-стрибаючих бібліотек.

2. Сконструйовано NotI-зв’язувальні та NotI-стрибаючі бібліотеки 3-ї хромосоми, на основі яких отримано NotI-мікропанелі ДНК.

3. Проведено детальне картування 3-ї хромосоми людини із застосуванням одержаних автором NotI-зв’язувальних і NotI-стрибаючих бібліотек, що дозволило побудувати фізичну карту 3-ї хромосоми за NotI-сайтами та виявити на ній нові гени.

4. Знайдено і визначено межі найчастіших делецій на ділянці 3p21.3 короткого плеча 3-ї хромосоми в пухлинах епітеліального походження (ділянки AP20 і LUCA).

5. Побудовано генетичні карти ділянок AP20 і LUCA і визначено будову 35 і 23 генів відповідно, розташованих на цих ділянках.

6. Сконструйовано нову тетрациклін-регульовану систему з використанням клітинних ліній пухлин епітеліального походження для пошуку пухлиносупресорних генів.

7. Вперше виявлено потенційні пухлиносупресорні гени RASSF1A, RASSF1C, RBSP3A, RBSP3B, G21/NPRL2, SEMA3B, HYAL1, HYAL2, FUS1, здатні пригнічувати ріст трансформованих клітин in vitro і ріст пухлин in vivo, а також підтверджено інгібувальні властивості відомих пухлиносупресорних генів ТP53 і RB1.

8. Вперше показано гіпермутабільність пухлиносупресорних генів RASSF1 і RBSP3, а також відмінності у рівні впливу білкових продуктів цих інтактних і мутантних генів на ріст пухлинних клітин in vitro та in vivo. Високий рівень соматичних мутацій у цих генах призводить до втрати здатності пригнічувати ріст пухлин.

9. Встановлено, що білковим продуктам потенційних пухлиносупресорних генів RASSF1 і RBSP3 притаманні функції, причетні до регуляції клітинного циклу; інактивація цих генів у пухлинних клітинах індукує його порушення. Велику роль в інактивації зазначених генів відіграють зміни у метилуванні промоторів, які мають місце при виникненні і прогресії пухлин.

10. Аналіз профілів метилування GpC-острівців промоторних ділянок генів на 3-й хромосомі в пухлинах епітеліального походження виявив більше 30 нових потенційних маркерних генів для діагностики раку.

11. На основі аналізу ділянок, в яких зконцентровані причетні до карциногенезу гени, запропоновано гіпотезу прогресії пухлинах епітеліального походження. Ця гіпотеза грунтується на одночасній інактивації кластерів генів, що беруть участь у карциногенезі. Гени-супресори пухлин із таких кластерів можуть функціонувати синергічно.

Публікації автора:

1. New strategy for mapping the human genome based on a novel procedure for construction of jumping libraries / E.R. Zabarovsky, F. Boldog, R. Erlandsson, V.I. Kashuba, R.L. Allikmets, Z. Marcsek, E.J. Stanbridge, J. Sumegi, G. Klein, G. Winberg // Genomics. – 1991. – Vol. 11, № 4. – P. 1030–1039. Дисертант брав участь у плануванні експерименту, у проведенні експерименту, в аналізі даних та написанні статті.

2. Construction of representative NotI linking libraries specific for the total human genome and for human chromosome 3 / E.R. Zabarovsky, R. Allikmets, I. Kholodnyuk, V.I. Zabarovska, N. Paulsson, V.M. Bannikov, V.I Kashuba, M. Dean, L.L. Kisselev, G. Klein // Genomics – 1994. – Vol. 20, № 2. – P. 312–316. Дисертант брав участь у плануванні експерименту, створенні бібліотек за NotI-сайтами, аналізу даних та написанні статті.

3. NotI linking clones as a tool for joing physical and genetic maps of the human genome / R.L. Allikmets, V.I. Kashuba, B. Pettersson, R. Gizatullin, T. Lebedeva, I.D. Kholodnyuk, V.M Bannikov, N. Petrov, V.M. Zakharyev, G. Winberg, W. Modi, M. Dean, M. Uhlen, L.L. Kisselev, G. Klein, E.R. Zabarovsky // Genomics. – 1994. – Vol. 19, № 2. – Р. 303–309. Дисертант самостійно провів експерименти, описані у даній статі, він особисто ізолював та секвенував більшість NotI-клонів. Дисертант також аналізував дані та брав участь у написанні статті.

4. A Group of NotI jumping and linking clones cover 2.5 MB in 3p21-p22 region suspected to contain tumor suppressor gene / V. I. Kashuba, A. Szeles, R. Allikmets, U. Nilsson, A.-S. Bergerheim, W. Modi, A. Grafodatsky, M. Dean, E.J. Stanbridge, G. Winberg, G. Klein, E.R. Zabarovsky // Cancer Genet. Cytogenet. – 1995. – Vol. 81, № 2 – P. 144–150. Дисертант планував і провів майже всі експерименти по ізолюванню, клонуванню та секвенуванню NotI клонів, брав активну участь в аналізі результатів та написанні статті.

5. NotI jumping and linking clones as a tool for genome mapping and analysis of chromosome rearrangements in different tumors / E.R. Zabarovsky, V.I. Kashuba, R.Z. Gizatullin, G. Winberg, V.I. Zabarovska, R. Erlandsson, D.A. Domninsky, V.M. Bannikov, E. Pokrovskaya, I. Kholodnyuk, N. Petrov, V.M. Zakharyev, L.L. Kisselev, G.Klein // Cancer Detect. Prev. – 1996. – Vol. 20, № 1. – P. 1–10. Дисертант планував і провів майже всі експерименти з ізолювання, клонування та секвенування NotI клонів. Дисертант брав активну участь в аналізі результатів, побудові карти та написанні статті.

6. Human chromosome 3: High-resolution fluorescence in situ hybridization mapping of 40 unique NotI linking clones homologous to genes and cDNAs / A. Protopopov, R. Gizatullin, N. Vorobieva, M. Protopopova, C. Kiss, V. Kashuba, G. Klein, L. Kisselev, A. Grafodatsky, E. Zabarovsky // Chromosome Res. – 1996. – Vol. 4, № 4. – P. 443–447. Дисертант брав участь у плануванні роботи, він виділив усі NotI-клони та брав активну участь у аналізі результатів та написанні статті.

7. 3PK, a new mitogen-activated protein kinase-activated protein kinase located in the small cell lung cancer tumor suppressor gene region / G. Sithanandam, F. Latif, F.-M. Duh, R. Bernal, Li H. Smola, I. Kuzmin, V. Wixler, L. Geil, S. Shrestha, P.A. Lloyd, S. Bader, Y. Sekido, K.D. Tartof, V.I. Kashuba, E.R. Zabarovsky, M. Dean, G. Klein, M.I. Lerman, J.D. Minna, U.R. Rapp, R. Allikmets // Mol. Cell Biol. – 1996. – Vol. 16, № 3. – P. 868–876. Дисертант виділив NotI-клон, що було характеризовано як 3РК кіназу. Він також брав участь у обговоренні результатів та написанні статті.

8. Construction of a 600 Kilobase cosmid clone contig and generation of a transcriptional map surrounding the lung cancer tumor suppressor gene (TSG) locus on human chromosome 3p21.3.: Progress toward the isolation of a lung cancer TSG / M.-H. Wei, F. Latif, F. Bader, V. Kashuba, J.-J. Chen, F.-M. Duh, Y. Sekido, C.-C.,Lee, L. Geil, I. Kuzmin, E. Zabarovsky, G. Klein, B. Zbar, J. D. Minna, M. I. Lerman // Cancer Res. – 1996. – Vol. 56, № 7. – P. 1487–1492. Більшість NotI-клонів, виділених дисертантом і картованих за його участі, описана у цій статті.

9. Хромосома 3 человека: поиск микросателлитов ди-, три- и тетрамерных мотивов, анализ их распределения и формирование маркеров / Э.А. Брага, Е.Ю. Котова, Е.М. Пугачева, Р.З. Гизатуллин, В.И. Кашуба, М.И. Лерман, М.Г. Аксенова, И.А. Ефремов, Е.Р. Забаровский, Л.Л. Киселев // Молекуляр. биология. - 1997. – Т. 31, № 6. – С. 985-996. Виділені дисертантом NotI-клони були використані як мікросателітні маркери для знаходження делецій. Дисертант також працював над аналізом даних та написанням статті.

10. Analysis of NotI linking clones isolated from human chromosome 3 specific libraries / V.I. Kashuba, R.G. Gizatullin, A. I. Protopopov, J. Li, N.V. Vorobieva, L. Fedorova, V.I. Zabarovska, O.V. Muravenko, M. Kost-Alimova, V.M. Zakharyev, D.A. Domninsky, C. Kiss, R.L. Allikmets, V.M. Zakharyev, E. A. Braga, J. Sumegi, M. Lerman, A.V. Zelenin, D. Sheer, G. Winberg, A. Grafodatsky, L.L. Kisselev, G. Klein, E.R. Zabarovsky // Gene. – 1999. – Vol. 239, № 2. – P. 259–271. Дисертант провів більшість експериментiв з виділення NotI-клонів та їхній аналіз. Дисертантом повністю написана ця стаття.

11. Identification of new tumour suppressor genes based on in vivo functional inactivation of a candidate gene / J. Li, A.I. Protopopov, R.Z. Gizatullin, C. Kiss, V.I. Kashuba, G. Winberg, G. Klein, E.R. Zabarovsky // FEBS Lett. – 1999. – Vol. 451, № 3. – P. 289–294. Дисертант брав участь у плануванні і проведенні частини експерименту для розробки нового методу визначення супресорної активності генів. Дисертант також працював над аналізом даних та написанням статті.

12. The 630-kb lung cancer homozygous deletion region on human chromosome 3p21.3: identification and evaluation of the resident candidate tumor suppressor genes: The International Lung Cancer Chromosome 3p21.3 tumor suppressor gene Consortium / V. Kashuba, A. Protopopov, J. Li, G. Klein, E. Zabarovsky // Cancer Res. – 2000. – Vol. 60, № 4. – P. 6116–6133. Дисертант планував цю роботу, виділив і проаналізував понад 15 нових генiв, брав актину участь у створенні карти 3-ї хромосоми та області делецій. Дисертант також працював над написанням статті.

13. Overexpression of candidate tumor suppressor gene FUS1 isolated from the 3p21.3 homozygous deletion region leads to G1 arrest and growth inhibition of lung cancer cells / M. Kondo, L. Ji, C. Kamibayashi, Y. Tomizawa, D. Randle, Y. Sekido, J. Yokota, V. Kashuba, E. Zabarovsky, I. Kuzmin, M. Lerman, J. Roth, J.D. Minna // Oncogene. – 2001. – Vol. 20, № 43. – P. 6258–6262. Дисертант брав участь у клонуваннi гена FUS1. Дисертант також працював над аналізом даних та редагуванням статті.

14. Candidate TSG, RASSF1A, from human chromosome 3p21.3 is involved in kidney tumorigenesis / K. Dreijerink, E. Braga, I. Kuzmin, L. Geil, F.-M. Duh, D. Angeloni, B. Zbar, M. Lerman, E. Stanbridge, J. Mina, A. Protopopov, J. Li, V. Kashuba, G. Klein, E. Zabarovsky // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 2001. – Vol. 98, № 13. – P. 7504–7509. Дисертант брав участь у клонуваннi гена RASSF1A. Дисертант також працював над аналізом даних та редагуванням статті.

15. hUNC93B1: a novel human gene representing a new gene family and encoding an unc-93-like protein / V.I. Kashuba, A.I. Protopopov, S.M. Kvasha, R.Z. Gizatullin, C. Wahlestedt, L. L. Kisselev, G. Klein, E.R. Zabarovsky // Gene. – 2002. – Vol. 283, № 1–2. – P. 209–217. Дисертант планував цю роботу, виділив і проаналізував новий ген. Дисертант проаналізував експериментальні результати і майже повністю написав статтю.

16. NotI flanking sequences: a tool for gene discovery and verification of the human genome / A. Kutsenko, R. Gizatullin, A.N. Al-Amin, F. Wang, R.M. Podowski, Y. Matushkin, S. Kvasha, A. Gyanchandani, O.V. Muravenko, A. Protopopov, V. Kashuba, L.L. Kisselev, W. Wasserman, C. Wahlestedt, E.R. Zabarovsky // Nucleic Acids Res. – 2002. – Vol. 30, № 14. – P. 3163–3170. Послідовності ДНК виділених дисертантом NotI клонів було використано як послідовності можливих генів. Дисертант брав активну участь уплануванні, проведенні біоінформаційного аналізу та написанні статті.

17. Human cell lines engineered for tetracycline-regulated expression of tumor suppressor candidate genes from a frequently affected chromosomal region, 3p21 / A.I. Protopopov, J. Li, G. Winberg, R.Z. Gizatullin, V.I. Kashuba, G. Klein, E.R. Zabarovsky // J. Gene Med. – 2002. – Vol. 4, № 4. – P. 397–406. Дисертант брав участь у плануванні роботи та у створенні плазмідних конструктiв векторів, брав участь в обговоренні результатів та написанні статті.

18. Novel techniques to identify the species composition of complex microbial systems: restriction site tagged microarrays (RST) and NotI signatures / E.R. Zabarovsky, L. Petrenko, A. Protopopov, V. Zabarovska, O. Vorontsova, Y. Zhao, A. Kutsenko, G. Kilosanidze, B. Pettersson, V.I. Kashuba, O. Ljungqvist, E. Norin, T. Midtvedt, G. Winberg, R. Mllby, I. Ernberg // Microecol. and Therapy. – 2002. – Vol. 29, № 2. – P. 17–22. Дисертант брав участь у плануванні роботи та в обговоренні результатів і написанні статті. Дисертантом виконано низку експериментів з виділення і секвенування клонів.

19. NotI subtraction and NotI-specific microarrays to detect copy number and methylation changes in whole genomes / J. Li, A. Protopopov, F. Wang, V. Sentchenko, V. Petushkov, O. Vorontsova, L. Petrenko, V. Zabarovska, O. Muravenko, E. Braga, L. Kisselev, M.I. Lerman, V. Kashuba, G. Klein, I. Ernberg, C. Wahlestedt, E.R. Zabarovsky // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. – 2002. – Vol. 99, № 16. – P. 10724–10729. Дисертант брав участь у плануванні роботи, а також виконав низку експериментів з мікроареїв та аналізу результатів.

20. An integrated physical and gene map of the 3.5-Mb chromosome 3p21.3 (AP20) region implicated in major human epithelial malignancies / A. Protopopov, V.I. Kashuba, V.I. Zabarovska, O.V. Muravenko, M. Lerman, G. Klein, E.R. Zabarovsky // Cancer Res.–2003.–Vol. 63, № 2.–P. 404–412. Дисертант планував цю роботу, виділив і проаналізував три нових гени. Дисертант проаналізував експериментальні результати і практично повністю написав статтю.

21. Новые гены-супрессоры опухолевого роста в горячих точках хромосомы 3 человека: новые методы идентификации / Э.А.Брага, В.И.Кашуба, А.В.Малюкова, В.И.Логинов, В.Н.Сенченко, И.В.Базов, Л.Л. Киселев, Е.Р.Забаровский // Молекуляр. биология. - 2003. – Т. 37, № 2. – С. 194-211. Дисертант спланував цю роботу та написав більшу частину статті.

22. Deletion mapping using quantitative real-time PCR identifies two distinct 3p21.3 regions affected in most cervical carcinomas / V. Sentchenko, J. Liu, E. Braga, N. Mazurenko, W. Loginov, Y. Seryogin, I. Bazov, A. Protopopov, F. Kisseljov, V. Kashuba, M. Lerman, G. Klein, E. Zabarovsky // Oncogene. – 2003. – Vol. 22, № 19. – P. 2984–2992. Дисертант брав участь у плануванні цієї роботи та в створенні праймерів для кількісної ПЛР. Дисертант також аналізував дані та брав участь у написанні статті.

23. Characterization of a new SNP c767A/T (Arg222Trp) in the candidate TSG FUS2 on human chromosome 3p21.3: prevalence in Asian populations and possible association with nasopharyngeal cancer / F.-M. Duh, M. Fivash, M. Moody, M.L. Lung, X. Guo, E. Stanbridge, M. Dean, M. Voevoda, L.-F. Hu, V. Kashuba, E.R. Zabarovsky, M.C.-N. Qian, S. Godbole, B. T. Teh, M.I. Lerman // Mol. Cel. Probes. – 2004. – Vol. 18, № 1. – P. 39–44. Дисертант виділив ген FUS2 та брав участь в обговоренні результатів та написанні статті.

24. Functional characterization of the candidate tumor suppressor gene NPRL2/G21 located in 3p21.3C / J. Li, F. Wang, A. Malyukova, A. Protopopov, K. Haraldson, F.-M. Duh, L. Geil, I. Kuzmin, J.D. Minna, E. Stanbridge, E. Braga, V.I. Kashuba, G. Klein, M.I. Lerman, E.R. Zabarovsky // Cancer Res. – 2004. – Vol. 64, № 18. – P. 6438–6443. Дисертант брав участь у плануванні роботи та брав активну участь в обговоренні результатів і написанні статті.

25. Discovery of frequent homozygous deletions in chromosome 3p21.3 LUCA and AP20 regions in renal, lung and breast carcinomas / V.N. Senchenko, J. Liu, W. Loginov, I. Bazov, D. Angeloni, Y. Seryogin, V. Ermilova, T. Kazubskaya, R. Garkavtseva, V.I. Zabarovska, V.I. Kashuba, L.L. Kisselev, J.D. Minna, M.I. Lerman, G. Klein, E.A. Braga, E.R. Zabarovsky // Oncogene. – 2004. – Vol. 23, № 34. – P. 5719–5728. Дисертант брав участь у плануванні цієї роботи. Дисертант також аналізував дані та брав участь у написанні статті.

26. Inactivation of RASSF1C during in vivo tumor growth identifies it as a tumor suppressor gene / J. Li, F. Wang, A. Protopopov, V. Kashuba, J.D. Minna, M.I. Lerman, G. Klein, E. Zabarovsky // Oncogene. – 2004. – Vol. 23, № 35. – P. 5941–5949. Дисертант брав активну участь у плануванні роботи, експерименті, аналізі результатів та написанні статті.

27. RBSP3 (HYA22) is a tumor suppressor gene implicated in major epithelial malignancies / V.I. Kashuba, J. Li, F. Wang, V.N. Senchenko, A. Protopopov, A. Malyukova, A.S. Kutsenko, E. Kadyrova, V.I. Zabarovska, O.V. Muravenko, A.V. Zelenin, L.L. Kisselev, I. Kuzmin, J.D. Minna, G. Winberg, I. Ernberg, E. Braga, M.I. Lerman, G. Klein, E.R. Zabarovsky // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 2004. – Vol. 101, № 14. – P. 4906–4911. Дисертант планував роботу, ізолював новий ген RBSP3, провів функціональні тести та майже повністю написав статтю.

28. High Frequency Somatic Mutations in RASSF1A in Nasopharyngeal Carcinoma / Z.G. Pan, V.I. Kashuba, X.Q. Liu, J.Y. Shao, R.H., Zhang, J.H. Jiang, C. Guo, E. Zabarovsky, I. Ernberg, Y.X. Zeng // Cancer Biol. Ther. – 2005. – Vol. 4, № 10. – P. 1116-1122. Дисертант брав активну участь у плануванні роботи, експерименті, аналізі результатів та написанні статті.

29. Использование NotI-микрочипов для идентификации изменений в локусах генов, потенциально участвующих в развитии рака шейки матки / В.И. Кашуба, И.Я. Скрипкина, Д.В. Сараев, В.В. Гордиюк, А.Б. Винницкая, Л.А. Цыба, П.В. Погребной, В.М. Блинов, Е.Р. Забаровский, А.В. Рындич // Укр. біохім. журн. – 2006. – Т. 78, № 2. – С. 113–120. Дисертант планував роботу, проводив експерименти на мікроереях, аналізував дані та брав участь у написанні статті.

30. Идентифiкацiя змiн у локусах генiв, якi потенцiйно задiянi в розвитку раку нирок, за допомогою нової технологiї NotI-мiкрочипiв / I.Я. Скрипкiна, В.I. Кашуба, В.В. Гордіюк, Д.В. Сараєв, В.I. Зубко, Ю.М. Згонник, Л.А. Циба, В.М. Блiнов, Д.Д. Угрин, А.А. Михайлик, Б.А. Яцула, Є.Р. Забаровский, А.В. Риндич, О.Ф. Возiанов // Доп. НАН України. – 2006. – № 11. – C. 188–192. Дисертант планував роботу, проводив експерименти на мікроереях, аналізував дані та брав участь у написанні статті.

31. Виявлення эпiгенетичних i генетичних порушень та змiни експресiї генiв 3-ї хромосоми людини при раку яєчникiв / В.В. Гордiюк, А.В. Геращенко, I.Я. Скрипкiна, O.В. Симончук, Т.В. Павлова, Д.Д. Угрин, O.П. Манжура, Г.O. Вакуленко, Є.Р. Забаровский, А.В. Риндич, В.I Кашуба // Бiополiмери i клiтина. – 2008. – Т. 24, № 4. – C. 323–332. Дисертант планував роботу, проводив експерименти на мікроареях, аналізував дані та брав участь у написанні статті.

32. HYAL1 and HYAL2 inhibit tumour growth in vivo but not in vitro / F. Wang, E.V. Grigorieva, J. Li, V.N. Senchenko, T.V. Pavlova, E.A. Anedchenko, A.V. Kudryavtseva, A. Tsimanis, D. Angeloni, M.I. Lerman, V.I. Kashuba, G. Klein, E.R. Zabarovsky // – 2008. – Vol. 3, № 8.–Р. 3031. Дисертант планував роботу, аналізував дані та брав участь у написанні статті.

33. Analysis of NotI linking clones isolated from human chromosome 3 specific libraries / A. Protopopov, V. Kashuba, R. Gizatullin, J. Li, M. Alimova, L. Fedorova, V. Zabarovska, D. Domninsky, O. Muravenko, R. Allikmets, V. Zakharyev, M. Lerman, E. Braga, A. Grafodatsky, A. Zelenin, D. Sheer, E. Zabarovsky // Human Genome Meeting, Turin, March, 1998. P. 52. Дисертант провів більшість експериментiв з виділення NotI-клонів та їхній аналіз.

34. Large-scale sequencing of NotI linking clones representing the total human genome: the pilot study / E. Zabarovsky, R. Gizatullin, R. Podovsky, V. Zabarovska, L. Petrenko, A. Protopopov, J. Li, E. Sonnhammer, G. Wingberg, V. Kashuba, C. Wahlestedt // Human Genome Meeting, Brisbane, March, 1999. P. 19. Дисертант провів більшість експериментiв з виділення NotI-клонів та їхній аналіз.

35. Establishment of a panel of stable cell lines for teracycline-Inducible expression of tumor supressor candidate genes / A. Protopopov, V. Kashuba, G. Wingberg, Е. Zabarovsky // 26^th Meeting of the Federation of European Biochemical Societies, Nice June, 1999. P. 330. Дисертант провів більшість експериментiв з отримання клітинних ліній для тестування пухлиносупресорної активності генів.

36. Genome scanning using NotI linking sequences and Not microarrays / A. Protopopov, V. Kashuba, R. Gizatullin, J. Li, G. Klein, E. Zabarovsky // Human Genome Meeting, Vancouver, April 2000. – P. 90. Дисертант планував роботу, проводив експерименти на мікроереях та аналізував результати.

37. Subtraction and NotI-specific microarrays to detect changes in copy number and methylation in cancer genome / A. Protopopov, J. Li, F. Wang, V. Kashuba, G. Klein, C. Wahlestedt, E. Zabarovsky // American Association for Cancer Research, Boston, October 2002. - P. 135. Дисертант планував роботу, проводив експерименти на мікроереях та аналізував результати.

38. NotI flanking sequences as a tool for gene discovery and verification of the human genome / A.S. Kutsenko, R.Z. Gizatullin, Y.G. Matushkin, V.G. Levitsky, A.I. Protopopov, V.I. Kashuba, W. Wasserman, E.R. Zabarovsky // 28^th Meeting of the Federation of European Biochemical Societies, Istanbul, October 2002. – P. 36. Дисертант провів більшість експериментiв з виділення NotI-клонів та їхній аналіз.

39. SAGE data for searching cancer-associated genes in 3q21.3 / G. Kilosanidze, A. Malyukova, N. Petrash, W. Loginov, I. Bazov, V. Kashuba, V. Ermilova, T. Kazubskaya, R. Garkavtseva, M. Lerman, E. Braga, E. Zabarovsky // 28^th Meeting of the Federation of European Biochemical Societies, Istanbul, October 2002. – P. 40. Дисертант планував роботу та аналізував дані.

40. Identification of human chromosome 3-specific tumor suppressor candidate genes whose loss contribute to the genesis of kidney, lung and other major epithelial cancer / O. Muravenko, J. Li, A. Protopopov, F. Wang, V. Senchenko, I. Bazov, O. Vorontsova, V. Zabarovska, E. Braga, L. Kisselev, M. Lerman, V. Kashuba, G. Klein, E. Zabarovsky // European Conference «Apoptosis 2003», Kirchberg, Jan. – Feb. 2003. – P. 338. Дисертант планував цю роботу, виділив і проаналізував понад 15 нових генiв, брав актину участь у створенні карти 3-ї хромосоми та області делецій.

41. Combinatorial approach to clone disease genes / V. Senchenko, J. Li, V. Zabarovska, O. Muravenko, E. Braga, A. Protopopov, V. Kashuba, E. Zabarovsky // Meeting «Genetics of Complex Diseases and Isolated Populations», May 2003. - P. 21. Дисертант планував цю роботу, виділив і проаналізував понад 15 нових генiв.

42. Restriction site tagged passports and microarraya for analysis of complex biological systems / E.R. Zabarovsky, V.I., Kashuba, A.S. Kutsenko, A.I.Protopopov, L. Petrenko, F. Wang, V.N. Senchenko, E. Kadyrova, V.I. Zabarovska, O.V. Muravenko, A.V. Zelenin, L.L. Kisselev, G. Winberg, I. Ernberg, E. Braga, M.I. Lerman, G. Klein // 4^th International conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, July 2004. - P. 163–166. Дисертант планував роботу, проводив експерименти на мікроереях та аналізував результати.

43. Cluster of TSGs in 3p21.3 Luca and AP20 regions: a new model for neoplastic transformation / V. Kashuba, J. Li, A. Protopopov, F. Wang, A. Malyukova, V. Senchenko, V. Zabarovska, O. Muravenko, A. Zelenin, E. Kadyrova, E. Braga, L. Kisselev, M. Lerman, G. Klein, E. Zabarovsky // The 9^th World Congress on Advances in Oncology, and 7^th International Symposium on Molecular Medicine, Crete, October 2004. P. 25. Дисертант планував цю роботу, виділив і проаналізував понад 15 нових генiв, брав актину участь у створенні карти 3-ї хромосоми та області делецій.

44. Functional and mutational analysis of candidate tumor supressors from the 3p21.3 Luca and AP20 region / V. Kashuba, J. Li, A. Protopopov, F. Wang, V. Senchenko, V. Zabarovska, O. Muravenko, A. Zelenin, E. Braga, L. Kisselev, M. Lerman, G. Klein, E. Zabarovsky // The 10^th World Congress on Advances in Oncology, and 8^th International Symposium on Molecular Medicine, Crete, October 2005. - P. 25. Дисертант провів частину експериментiв з мутаційного аналізу генів.

45. HYAL1, HYAL2 and tumor supressor genes with asymmetric supressor effect in vitro and in vivo / E. Grigorieva, F. Wang, J. Li, T. Pavlova, T. Eschenko, V.I. Kashuba, M. Lerman, G. Klein, E. Zabarovsky // The 11^th World Congress on Advances in Oncology, and 9^th International Symposium on Molecular Medicine, Crete October 2006. - P. 53. Дисертант планував роботу та аналізував дані.

46. Epigenetic analysis of different cancers using NotI microarrays / T. Ivanona, T. Pavlova, I. Skrypkina, L. Petrenko, E. Rakhmanaliev, O. Muravenko, I. Pronina, W. Loginov, D. Saraev, P.S. Yenamandra, V. Senchenko, V. Zabarovska, E. Braga, A. Rynditch, A.V. Zelenin, T. Eschenko, V. Kashuba, E. Zabarovsky. // The 11^th World Congress on Advances in Oncology, and 9^th International Symposium on Molecular Medicine, Crete, October 2006. - P. 10. Дисертант планував роботу, проводив експерименти на мікроереях та аналізував результати.

47. Epigenetic analysis of cancer cells using NotI microarrays / E. Zabarovsky, T. Pavlova, T. Ivanona, L. Petrenko, E. Rakhmanaliev, O. Muravenko, I. Pronina, W. Loginov, D. Saraev, P.S. Yenamandra, V. Senchenko, V. Zabarovska, E. Braga, I. Skrypkina, A. Rynditch, E. Grigorieva, N. Kisseljova, F. Kisselev, L. Kisselev, G. Klein, V. Kashuba, A. Zelenin // Human Genome Meeting, Helsinki, May-Jun 2006. - P. 98. Дисертант планував роботу, проводив експерименти на мікроереях та аналізував результати.

48. Restriction site tagged microarrays (NMA) to study complex biological systems as cancer cells and human Gut Flora / T. Pavlova, T. Ivanona, I. Skrypkina, P.S.Yenamandra, V. Senchenko, V. Zabarovska, E. Braga, A. Rynditch, T. Zelenin, T. Eschenko, E. Grigorieva, N. Kisseljova, F. Kisselev, L. Kisselev, G. Klein, I. Ernberg, V. Kashuba, E.R. Zabarovsky // The 12^th World Congress on Advances in Oncology, and 9^th International Symposium on Molecular Medicine, Crete, October 2007. - P. 75. Дисертант планував роботу, проводив експерименти на мікроереях та аналізував результати.