Анотація до роботи:

Гордіюк В.В. Характеристика генетичних та епігенетичних змін генів/локусів 3-ї хромосоми людини в епітеліальних пухлинах. – Рукопис.

Дисертація на здобуття наукового ступеня кандидата біологічних наук за спеціальністю 03.00.03 – молекулярна біологія. – Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Київ, 2008.

За допомогою NotI-мікрочипів знайдено генетичні/епігенетичні зміни генів/локусів 3-ї хромосоми людини у низки пухлин епітеліального походження. Детально вивчено статус метилування гена FHIT при світлоклітинній карциномі нирок. Із 182 NotI-зв’язувальних клонів 3-ї хромосоми людини виявлено делеції/метилування більше ніж у 30 % зразків пухлин для 23 генів/локусів при раку шийки матки (11- вперше), для 35 генів/локусів – при раку яєчників (17 – вперше), для 15 генів/локусів – при карциномі нирок (7 – вперше). Знайдено 7 генів/локусів із високою частотою генетичних/епігенетичних змін при усіх досліджених типах раку.

Для гена GORASP1 у аденокарциномах і гена GNAI2 в усіх досліджених зразках злоякісних пухлин яєчників вперше показано зниження експресії.

Вперше встановлено значне гіперметилування 5’CpG-острівця гена FHIT при світлоклітинної карциноми нирок та зменшення експресії FHIT для усіх досліджених пухлин з метильованим 5’CpG-острівцем цього гена порівняно з пухлинами з неметильованим 5’CpG-островцем і немалігнізованою тканиною, що відкриває можливості для використання FHIT як одного з прогностичних маркерів при світлоклітинній карциномі нирок.

У результаті дисертаційної роботи ідентифіковано генетичні/епігенетичні зміни генів/локусів 3-ї хромосоми людини у ряді пухлин епітеліального походження за допомогою NotI-мікрочипів. Детально вивчено статус метилування гена FHIT при світлоклітинній карциномі нирок.

1. За допомогою технології NotI-мікрочипів знайдені делеції/метилування більше ніж у 30 % зразків пухлин для 23 генів/локусів 3-ї хромосоми людини із 182 NotI-зв’язувальних клонів при раку шийки матки, для 35 генів/локусів при раку яєчників, для 15 генів/локусів при карциномі нирок. Серед детектованих генетичних та епігенетичних змін вперше виявлено зміни для 11 генів/локусів при раку шийки матки, для 17 генів/локусів при раку яєчників, для 7 генів/локусів при карциномі нирок.

2. За результатами аналізу зразків раку шийки матки, раку яєчників і світлоклітинної карциноми нирок із використанням NotI-мікрочипів виявлено 7 генів/локусів (VHL, RARB, ZIC4, LRRC3B, RBSP3, FOXP1, MINT24) з високою частотою генетичних/епігенетичних змін при усіх вказаних локалізаціях, що підтверджує важливість аберацій цих генів/локусів для канцерогенезу у цілому.

3. Детектовані гени/локуси, значні зміни у яких (метилування/делеції) за даними NotI-мікрочипів виявлено тільки для одного типу епітеліальних пухлин (6 генів/локусів для раку яєчників, 6 – для раку шийки матки, один для карциноми нирок), можуть бути перспективними для комплексної діагностики даних локалізацій. Для всіх зазначених генів/локусів зв'язок з канцерогенезом виявлено вперше.

4. Вперше встановлено зниження експресії гена GORASP1 у аденокарциномах і гена GNAI2 в усіх досліджених зразках злоякісних пухлин яєчників.

5. Вперше продемонстровано значне гіперметилування 5’CpG-острівця гена FHIT у випадку світлоклітинної карциноми нирок та встановлено зменшення експресії FHIT для усіх протестованих пухлин з метильованим 5’CpG-острівцем цього гена порівняно з пухлинами, які містять неметильований 5’CpG-островець, і немалігнізованою тканиною. Роль гіперметилування 5’CpG-острівця гена FHIT у його інактивації відкриває можливості для використання FHIT як одного з прогностичних маркерів при світлоклітинній карциномі нирок.

Публікації автора:

1. Использование NotI-микрочипов для идентификации изменений в локусах генов, потенциально участвующих в развитии рака шейки матки / В.И. Кашуба, И.Я. Скрипкина, Д.В. Сараев, В.В. Гордиюк, Л.А. Циба, А.Б. Винницкая, П.В. Погребной, Е.Р. Забаровский, А.В. Рындич // Український біохімічний журнал. –2006. – № 2. – C. 49-56. Особистий внесок здобувача: отримання геномної ДНК із зразків пухлин і нормальних тканин шийки матки, контроль якості препаратів геномной ДНК. Аналіз, інтерпретацію отриманих результатів та підготовку статті до друку здійснено разом із співавторами.

2. Ідентифікація змін у локусах генів, які потенційно задіяні в розвитку раку нирок, за допомогою нової технології NotI-мікрочипів / І.Я. Скрипкіна, В.І. Кашуба, В.В. Гордіюк, Д.В. Сараєв, В.І. Зубко, Ю.М. Згонник, Л.А. Циба, В.М. Блінов, Д.Д. Угрин, А.А. Михайлик, Б.А. Яцула, Є.Р. Забаровський, А.В. Риндич, О.Ф. Возіанов // Доповіді Національної академії наук України. – 2006. - №11. – С. 188-192. Особистий внесок здобувача: отримання геномної ДНК із зразків пухлин і нормальних тканин нирок, їхня характеристика. Аналіз, інтерпретацію отриманих результатів та підготовку статті до друку здійснено разом із співавторами.

3. Виявлення епігенетичних/генетичних порушень та зміни експресії генів 3-ї хромосоми людини при раку яєчників / В.В. Гордіюк, Г.В. Геращенко, І.Я. Скрипкіна, О.В. Симончук, Т.В. Павлова, Д.Д. Угрин, О.П. Манжура, Г.О. Вакуленко, Є.Р. Забаровський, А.В. Риндич, В.І. Кашуба // Біополімери і клітина. – 2008. - Т.24, №4. - С. 223-332. Особистий внесок здобувача: отримання геномної ДНК із зразків пухлин і нормальних тканин яєчників, контроль якості препаратів геномной ДНК. Визначення рівня експресії генів, які зазнали значних змін за даними NotI-мікрочипів, аналіз, інтерпретацію отриманих результатів та підготовку статті до друку здійснено разом з співавторами.

4. Hypermethylation of the 50CpG island of the FHIT gene in clear cell renal carcinomas / S. Kvasha, V. Gordiyuk, A. Kondratov, D. Ugryn, Y. Zgonnyk, A. Rynditch, A. Vozianov // Cancer Letter. – 2008. - Vol.265 - P.250-257. Особистий внесок здобувача: отримання геномної ДНК із зразків пухлин і нормальних тканин нирок, їхня характеристика. Бісульфітну обробку ДНК, аналіз статусу метилування гена FHIT та визначення рівня експресії FHIT здійснено разом із співавторами. Аналіз, інтерпретацію отриманих результатів та підготовку статті до друку здійснено разом із співавторами.

5. Молекулярные биомаркеры: новые подходы в диагностике опухолей яичников / В.В.Гордиюк, Е.В. Симончук, Е.В. Коханевич, Г.А. Вакуленко, Д.Д. Угрин, Е.П. Манжура // Біополімери і клітина. – 2006. Т.22, №6. - С.403-424. Особистий внесок здобувача: аналіз даних літератури та підготовку статті до друку здійснено разом із співавторами.

6. Identification and characterization of new molecular biomarkers for diagnostics and prognostics of epithelial tumors / V.V.Gordiyuk, V.I.Kashuba, G.V Gerashchenco, I.Ia. Skripkina, S.M. Kvasha, D.D. Ugryn, A.G. Kondratov, E.R. Zabarovsky, A.V. Rynditch // Bridges in Life Sciences, Budapesht, Oct. 2007, Vol.1, №1, P.53. Особистий внесок здобувача: отримання геномної ДНК із зразків епітеліальних пухлин і нормальних тканин, визначення рівня експресії генів, які зазнали значних змін за даними NotI-мікрочипів. Аналіз, інтерпретацію отриманих результатів здійснено разом із співавторами.

7. Identification of changes in gene loci potentially associate with epithelial tumors by novel technique of NotI-microarrays. / I.Ia. Skripkina, V.V. Gordiyuk, D.D. Ugryn, A.S. Shafranskaya, D.V. Saraev, L.O. Tsyba, V.M. Blinov, E.R. Zabarovsky, A.V. Rynditch, V.I. Kashuba // Ukrainian-German Symposium on Nanobiotechnology, Kyiv, Dec. 2006, P.136. Особистий внесок здобувача: отримання геномної ДНК із зразків епітеліальних пухлин і нормальних тканин, їхня характеристика. Аналіз, інтерпретацію отриманих результатів здійснено разом із співавторами.

8. Authentication of epigenetic changes in genes with epithelial tumors / D.D. Ugryn, A.S. Shafranskaya, A.G. Kondratov, V.V. Gordiyuk // Conference of Young Scientists, Kyiv. Біополімери і клітина, №4, 2007, C.290. Особистий внесок здобувача: отримання геномної ДНК із зразків епітеліальних пухлин і нормальних тканин, контроль якості препаратів ДНК. Аналіз, інтерпретацію отриманих результатів здійснено разом із співавторами.

9. Ідентифікація змін в локусах генів, які потенційно асоційовані з пухлинами яєчників, за допомогою новітньої технології NotI-мікроaреїв та підтвердження результатів методом метилспецифічної та метилчутливої ПЛР / Д.Д. Угрин, А.С. Шафранська, В.В. Гордіюк // Тези III-ї міжнародної наукової конференції “Молодь та поступ біології”, Львів, квітень 2007, C. 401-402. Особистий внесок здобувача: отримання геномної ДНК із зразків пухлин яєчників і нормальних тканин, їхня характеристика. Аналіз, інтерпретацію отриманих результатів здійснено разом із співавторами.

10. Detection of genetic and epigenetic abnormalities in epithelial tumors by NotI-microarray technology / A.G. Kondratov, V.V. Gordiyuk, V.I. Kashuba // Bridges in Life Sciences. Annual Scientific Review, Zagreb, Oct. 2008, Vol.2, №1, P.13. Особистий внесок здобувача: отримання геномної ДНК із зразків епітеліальних пухлин і нормальних тканин, контроль якості препаратів ДНК. Аналіз, інтерпретацію отриманих результатів здійснено разом із співавторами.